Перейти к содержимому

АБиоГрам.Геном

Хранение, аннотирование и анализ геномных последовательностей микроорганизмов

«АБиоГрам.Геном» (ABioGram.WGS) – программное обеспечение для работы с геномными последовательностями микроорганизмов в формате FASTA. Программа предназначена для хранения и систематизации данных, поиска совпадений по референсным базам, мультилокусного типирования (MLST) и анализа коллекций микроорганизмов.

Программа работает с готовыми FASTA-файлами. Получение первичных данных секвенирования и сборка последовательностей из исходных прочтений в её функции не входят.

Функциональные возможности

  • Хранение последовательностей. Загрузка FASTA-файлов, ведение коллекций и сведений об исследуемых образцах.
  • Аннотирование. Поиск сходных последовательностей в референсных базах с отображением найденных генов и характеристик совпадений.
  • MLST-типирование. Определение аллельных профилей, сиквенс-типов и клональных комплексов по выбранным схемам типирования.
  • Референсные базы. Использование доступных баз данных и создание собственных наборов последовательностей.
  • Аналитика. Поиск и отбор образцов, сравнительный анализ коллекций, построение таблиц, диаграмм, временных и географических представлений.
  • Экспорт результатов. Выгрузка последовательностей, результатов анализа и графических материалов.

Как работает программа

  1. Загрузите последовательность микроорганизма в формате FASTA.
  2. Выберите референсную базу и необходимый вид анализа.
  3. Запустите обработку и просмотрите результаты.
  4. При необходимости выполните проверку, сформируйте аналитическую выборку и экспортируйте данные.

Кому предназначена программа

«АБиоГрам.Геном» предназначена для микробиологических и геномных лабораторий, научно-исследовательских организаций и специалистов, работающих с результатами секвенирования микроорганизмов.

Доступ к программе

Работа осуществляется через веб-браузер. Авторизованные пользователи могут вести собственные коллекции и работать с доступными референсными базами.

Также предусмотрена обработка FASTA-файлов без регистрации с использованием опубликованных баз данных.

Краткое техническое описание

«АБиоГрам.Геном» включает базу данных, API для взаимодействия с внешними системами, веб-интерфейс и фоновые обработчики вычислительных заданий. Интерфейс администратора предназначен для настройки программы, управления пользователями и референсными базами. Пользовательский интерфейс позволяет загружать данные, запускать анализ и просматривать результаты.

Программа доступна через веб-браузер; устанавливать её на рабочее место конечного пользователя не требуется. При облачном размещении возможна модель SaaS. В зависимости от требований заказчика предусмотрены разные варианты развёртывания:

  • подготовленный образ виртуальной машины для сервера заказчика;
  • серверное развёртывание;
  • облачное размещение с доступом через интернет-портал.

Локальная установка, описанная в инструкции, выполняется с помощью Docker Compose.

Стек используемых технологий

.NET, Angular, PostgreSQL

Языки программирования

C#, TypeScript, SQL, R

Условия предоставления

Стоимость программного обеспечения рассчитывается индивидуально в зависимости от количества подключаемых рабочих мест согласно тарифной политике.

Для получения коммерческого предложения просим обращаться:

Документация

Документы доступны в формате PDF: